Wenn es theoretisch möglich ist, dass du um 9 Uhr oder später eingestiegen bist, solltest du darauf beharren und nicht zahlen.
Da so einen Aufstand zu machen erscheint mir auch ziemlich dumm, aus Sicht des Bahnunternehmens. Die müssen ziemlich nahe an der Insolvenz sein. Ist ja nicht so, dass du dir stundenlange gratis Bahnfahrten erschlichen hättest.
Bzw kommt es halt dabei darauf an, auf welche Art von Kontrolleur du triffst (charaktermässig). Eine kundenorientierte Person, der auch das Ansehen des Unternehmens etwas bedeutet, wird halt ein Auge zudrücken, da du es ja nicht böse gemeint hast und das Unternehmen so ein freundliches Image bekommt.
Hier bist du halt auf so eine nervige Klugscheisser-Person getroffen, die nicht mitdenkt, sondern sich stur an ihre Vorschriften hält (und obv damit im Recht ist, weil du vor 9h eingestiegen bist).